創(chuàng)藥新聲

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AI加速突破膠原蛋白研發(fā)瓶頸,邁向護膚新高度 | 合作成果

在醫(yī)美原料的膠原蛋白研發(fā)領(lǐng)域,存在如穩(wěn)定性不佳、分子結(jié)構(gòu)需要優(yōu)化與創(chuàng)新、降解速度與持久性等問題。在本次項目進展過程中,我們遇到的一個關(guān)鍵挑戰(zhàn)是單股鏈膠原蛋白的穩(wěn)定性不足。對此,予路乾行通過AI技術(shù)和分子動力學(xué)模擬,與冀百康展開了干濕結(jié)合的實驗研發(fā),從三個方面進行了優(yōu)化:

防止水解斷裂:在不同的pH值和溫度條件下,特定氨基酸可能導(dǎo)致膠原蛋白鏈斷裂。我們通過精密設(shè)計,去除了容易發(fā)生反應(yīng)的氨基酸片段,大幅提升了膠原蛋白的抗水解能力。

抗酶降解保護:針對膠原蛋白在生產(chǎn)和使用過程中可能受到的酶解影響,我們優(yōu)化了其序列結(jié)構(gòu),去除了易受酶降解的區(qū)域,顯著提高了產(chǎn)品的穩(wěn)定性與持久性。

三螺旋結(jié)構(gòu)優(yōu)化:通過分子動力學(xué)模擬,重新設(shè)計了膠原蛋白的三螺旋結(jié)構(gòu),增強了分子間的相互作用,使膠原蛋白在自組裝時表現(xiàn)出更高的穩(wěn)定性。

AI加速突破膠原蛋白研發(fā)瓶頸,邁向護膚新高度 | 合作成果

最終,針對于共同設(shè)計的抗皺抗衰老新型膠原蛋白產(chǎn)品,經(jīng)過多輪實驗驗證,細胞增殖活性相比于參照分子有80-100%的提升,黏附性也有提升,以及表達量提高。予路乾行優(yōu)化的單股鏈膠原蛋白及新型三螺旋結(jié)構(gòu)膠原蛋白,均展現(xiàn)出卓越的穩(wěn)定性和長效護膚效果,為消費者帶來更加持久的美麗體驗。

予路基于AI的流程化平臺不同于傳統(tǒng)篩選的隨機性,可以在不同維度的評價上,高效篩選理想膠原片段。評價標準包含序列片段的穩(wěn)定性,高分片段的水解位點、酶切位點、功能位點識別,候選片段的3D結(jié)構(gòu)分析和動力學(xué)模擬分析。

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流程化篩選平臺可以大大提高效率,快速從上萬個序列中篩選得到數(shù)十個候選片段,從理性分析的角度精準得到理想的膠原蛋白序列。

膠原蛋白計算賦能方向介紹

予路乾行憑借先進的AI技術(shù)和分子動力學(xué)模擬,專業(yè)設(shè)計膠原蛋白序列,加速突破研發(fā)中的關(guān)鍵瓶頸。通過以下幾個方面,確保膠原蛋白產(chǎn)品在結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性、抗酶解能力及分子自組裝等方面得到全面提升:

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1.?重組I型/III型人源化膠原蛋白建模

從基因序列出發(fā),進行人源化膠原蛋白的精準建模,并對所設(shè)計的序列進行可行性評估,確保其符合醫(yī)美領(lǐng)域的嚴格要求。

2.?序列性能差異評估

通過分子動力學(xué)模擬,評估不同膠原蛋白序列的性能差異,確保最優(yōu)的分子設(shè)計用于產(chǎn)品研發(fā)中。

3.?三螺旋結(jié)構(gòu)的精準分析

通過計算,深入分析膠原蛋白三螺旋結(jié)構(gòu)中的氫鍵、鹽橋及偶極-偶極相互作用,確保產(chǎn)品在結(jié)構(gòu)上具備高度穩(wěn)定性。

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(Gly-Pro-Hyp)9三螺旋膠原蛋白結(jié)構(gòu)示意圖

4.?抗酶降解設(shè)計

膠原蛋白在人體內(nèi)的降解主要由基質(zhì)金屬蛋白酶(MMP)引發(fā)。我們可以通過分析膠原蛋白鏈上的MMP裂解位點,設(shè)計抗酶解能力更強的序列,并根據(jù)MMP溶劑可及性和殘基電性對膠原蛋白進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,進一步增強產(chǎn)品穩(wěn)定性。

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MMP1與纖維狀底物的結(jié)構(gòu)域、MMP1的溶劑可及性表面

5.?分子自組裝的穩(wěn)定性評估

分子動力學(xué)分析顯示,多個膠原蛋白單體聚集后的自組裝穩(wěn)定性至關(guān)重要。我們通過優(yōu)化分子間相互作用,確保產(chǎn)品在自組裝過程中的高穩(wěn)定性。

6.?整合素優(yōu)化設(shè)計

我們的膠原蛋白設(shè)計不僅關(guān)注分子結(jié)構(gòu),還深入優(yōu)化整合素的介導(dǎo)功能,確保在細胞間和細胞外基質(zhì)間的識別與粘附中具備更優(yōu)性能,同時調(diào)節(jié)細胞的生長與分化,提升產(chǎn)品的整體生物活性。

通過這一系列AI賦能的創(chuàng)新設(shè)計,確保膠原蛋白產(chǎn)品不僅具備高穩(wěn)定性和抗降解性,還能有效推動醫(yī)美領(lǐng)域的產(chǎn)品創(chuàng)新與應(yīng)用。

參考文獻:

[1] Perumal S , Antipova O , Orgel J P R O .Collagen fibril architecture, domain organization, and triple-helical conformation govern its proteolysis[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008, 105(8).DOI:10.1073/pnas.0710588105.


關(guān)于冀百康



珠海冀百康生物科技有限公司成立于2015年,是高活性生物原料產(chǎn)品的制造商,為客戶提供全面的解決方案以及成品的ODM/CDMO服務(wù)。

冀百康生物專注于“高附加值”與“高活性”生物原料兩大核心領(lǐng)域,具備高端化妝品多肽、原料配方的應(yīng)用研究和生產(chǎn)能力。建立了功能完善的質(zhì)檢中心和健全的質(zhì)量管理體系,擁有規(guī)范的GMP標準中試車間。公司為國家高新技術(shù)企業(yè),廣東省科技型中小企業(yè),珠海市新型研發(fā)機構(gòu),珠海市金灣區(qū)創(chuàng)新驅(qū)動企業(yè)。


關(guān)于予路乾行



予路乾行是基于多尺度分子動力學(xué)結(jié)合自主創(chuàng)新的AI算法而構(gòu)建的新一代人工智能藥物研發(fā)平臺,提供各類計算化學(xué)服務(wù),包括但不限于高柔性靶點建模、靶點可成藥性分析、面向大分子及小分子藥物結(jié)構(gòu)篩選、設(shè)計、優(yōu)化等。特別是針對難成藥靶點提供分子成藥機理解析、全新藥物分子結(jié)構(gòu)設(shè)計、和結(jié)構(gòu)優(yōu)化解決方案。

公司創(chuàng)立之初即獲評蘇州市工業(yè)園區(qū)科技領(lǐng)軍項目企業(yè),2022年獲批蘇州市級姑蘇領(lǐng)軍人才項目,核心技術(shù)獲得諾貝爾化學(xué)獎得主Roald Hoffmann推薦,目前已與多家國內(nèi)外生物醫(yī)藥企業(yè)合作推進數(shù)個新藥研發(fā)管線并取得多個突破性成果。